முருகமூர்த்தி கோயில் நயினாதீவு 2ஆம் வட்டாரத்தில் உள்ள இரட்டங்காலி எனும் காணியில் அமைந்துள்ளது. கிழக்குநோக்கிய வாயிலையுடைய இக்கோயில் சுமார் 350 வருடப் பழமையுடையது. மூலஸ்தானத்தில் வேல் பிரதிஷடை செய்யப்பட்டிருக்கின்றது. 2011 இல் நடைபெற்ற மகாகும்பாபிஷகத்தில் ஆறுமுகசுவாமியின் திருமேனி எழுந்தருளி மூர்த்தியாக வைக்கப்பட்டுள்ளது. கந்தபுராண படனம் சிறப்பாக நடைபெற்ற கோயிலில் இதுவும் ஒன்றாகும். மணிக்கூட்டுக் கோபுரத்துடன் விளங்கும் இக் கோயில் புதுப்பொலிவுடன் தற்போது விளங்குகின்றது. நித்திய பூசைகள் சிறப்பாக நடைபெறுகின்றன. ஆலமரம் இக்கோவிலின் தல விருட்சமாகும்.