இவ் ஆலயம் அந்நியர் ஆட்சியிலே போர்த்துக்கேயர் காலப்பகுதியில் இடிக்கப்பட்ட போது அம்மனை கொண்டு வந்து அக்காலத்தில் பூஜை செய்து வந்த பூசகரால் மேற்குக் கடற்கரை ஓரமாக இருந்த ஆலமரப் பொந்தில் அம்மனை மறைத்து வைத்தார். அந்த ஆலமரப் பொந்து மூடப்பட்டு அந்த ஆலமரத்தை சுரண்டும் போது பால் வடிவதற்கு பதிலாக இரத்தம் வடிந்தது. என்றும் அந்த ஆலமரத்தில் நயினை நகர் ஆரம்பகுடியில் வாழ்ந்து வந்த பெண்மணி இருவர் அம்பிகையின் இருதோடுகள் இருந்து எடுத்ததாகவும், 1972ம் ஆண்டில், அவ்விடத்தில் ஒருவர் விவசாயம் செய்து வரும்போது அவ்விடத்தில் நல்ல மழை பெய்து அதிக விளைச்சலை கொடுத்தது. என்றும் 1975ம் ஆண்டு இக்கோவிலின் தலைவர் 1000 புகையிலை நட்டு 1000ஃஸ்ரீ ரூபா கிடைத்தால் அக்கோவிலின் வரலாற்றை சித்தரிக்கும் சிலையாகிய அம்மனை ஆலமரப் பொந்தில் ஒழிக்கும் சிலை செய்து வைப்பதாக நினைத்தபோது அவர் நினைத்ததை விட அதிக வருமானமாக 13500 ரூபா விற்று வந்தது. உடனே அந்த சிலையை செய்து வைத்தார். என்றும் வரலாறுகள் கூறுகின்றது.

அந்த சிலை செய்து இன்னும் இவ்வாலயத்தில் காணப்படுவதை அவதானிக்க முடிகிறது. அது மட்டுமல்ல இவ்வாலயத்தில் அதிசயமிக்க நாகபாம்பு ஒன்று அம்மனை காவல் காத்து வருகின்றது. அந்த நாகம் அம்மனுக்கு மாலை சாத்தி வழிபட்டதை அப்பிரதேச மக்கள் நேரில் பார்த்த சான்றுகளும் காணப்படுகின்றது. அம்மன் அன்று தொட்டு இன்றுவரை அவ் ஆலமரத்தின் கீழ் வீற்றிலிருந்து மக்களுக்கு வேண்டியவரம் கொடுத்து அருள்புரிகின்றார். நயினாதீவு ஸ்ரீ நாகபூசணி அம்மன் கோவிலுக்கு வரும் பக்தர்கள் இந்த ஆலயத்திற்கும் வந்து வழிபாடு செய்வதை காணக்கூடியதாக இருக்கின்றது. அந்தளவுக்கு மகிமை பெற்ற தலமாக இவ் ஆலயம் விளங்குகின்றது.